La antigua ciudad romana de Uscelia, actual Uceda, es en realidad más antigua, porque en el término municipal se han hallado muestras de asentamiento humano desde el Paleolítico (cueva Reguerillo) y desde la Edad de Bronce, siendo habitada también por pueblos celtíberos antes de la llegada de los romanos. Restos de la muralla Esta villa reúne interesantes monumentos árabes y medievales.
Los árabes la fortificaron mediante castillo y murallas para dominar desde las alturas de Uceda todo el amplio Valle del Jarama.
Tras la reconquista castellana por Alfonso VI, Uceda reforzó y reconstruyó sus defensas. Bajo el poder real adquiere verdadera importancia como cabecera de una extensa comarca; «el Común de la Villa y Tierra de Uceda», compuesta por 19 aldeas: Alpedrete, Cabanillas de la Sierra, Casa de Uceda, El Berrueco, El Cubillo de Uceda, Fuente el Fresno, Fuentelahiguera, Matarrubia, Mesones, Puebla de Valles, Redueña, Torrelaguna, Tortuero, Valdenuño Fernández, Valdepeñas, Valdesotos, Venturada, Villaseca de Uceda y Viñuelas. Posteriormente pasó as ser regida por los arzobispos de Toledo, que ampliaron su fuero, crearon sus ferias anuales y erigieron diversas construcciones religiosas y militares.
A finales del siglo XIV empiezan a surgir pleitos a causa de las lindes y el aprovechamiento de pastos, leñas y aguas, con los señoríos limítrofes, que llevan a que la villa empiece a perder parte de su territorio.
En 1609, como consecuencia de las deudas ocasionadas por los pleitos, la villa es puesta en venta y es comprada por el duque de Lerma, Cristóbal Gómez de Sandoval, convirtiéndose en el duque de Uceda, título que ostentarían sus descendientes hasta la abolición de los señoríos a principios del siglo XIX.
El siglo XVIII trajo a Uceda el inicio de las construcciones hidráulicas, que se ampliarían en el siglo XIX, para el abastecimiento de Madrid. Las presas de El Pontón de la Oliva, La Güesa y la Parra dan prueba de ello, al igual que años después la presa de El Atazar, en el río Lozoya.
El caudaloso Jarama, que había sido una gran preocupación para el Concejo, que debía reparar frecuentemente su puente y la barca que lo atravesaba, dejó de ser un problema cuando sus aguas fueron embalsadas. El río sería en 1842 el límite fronterizo entre Madrid y Guadalajara.
A mediados del siglo XX, Uceda sufre una emigración hacia Madrid y la tendencia actual es de recuperación por el deseo de muchos jóvenes de establecerse en el pueblo de sus antepasados.
Hoy en día el municipio consta de tres núcleos de población: el núcleo histórico de Uceda, y las urbanizaciones de Caraquiz y Peñarrubia. La urbanización de Caraquiz surge en 1972 y la de Peñarrubia en el año 1975.